民营企业制度体系的缺失主要体现在产权制度与管理制度两方面。 在企业发展到一定规模后，民营企业的产权问题可以通过国家制定相关的宏观政策进行缓解，也可逐步向现代企业制度转化。但企业的管理同题则较突出，因为这需要企业采取科学合理的方法，根据自己的实际运营情况构建适合的管理制度体系。 目前民营企业的管理制度体系主要存在以下问题: (1)有一定的制度规范，但整体却不成体系。随着民营企业规模的扩大，已逐步形成以职能制为主的组织体系。各职能部门都有各种规章制度、行为规范，但缺乏足够的横向联系和沟通，相互之间存在冲突或有空缺，其根本原因是因为没有成为完整的体系，没有从全公司的角度出发考虑部门间的连接问题。 (2)部门间职责不清，权责不明等。由于企业各部门间缺乏足够的横向沟通，同时由于组织结构的问题，导致各部门职责不清，有事没人做，有责任没人负，因而工作效率不高;同时，由于职责不清也会导致各种混乱，如多头领导、政出多门，让下属无所适从。其根本原因除了组织结构的问题外，部门职贵不规范、执行不严格也是非常重要的因素。 (3)制度规范可操作性不强。企业的各制度规范虽已逐步建立，但仍有一部分还是不够细化、不够合理，导致在具体业务流程中体现出可操作性不够强。存在这些问题的原因除因家族式企业带来的固有缺陷外，更主要的原因是民营企业现有的管理制度都是随不同的发展需要(阶段)而制定，缺乏全面系统的总体考虑。同时，民营企业管理制度体系建立在陈旧的职能式组织体系基础上，缺乏运用现代管理理论和方法构建现代企业管理体制思维和基础。